1941年12月，《中共中央關於延安干部學校的決定》規定：“中央黨校為培養地委以上和團級以上具有相當獨立工作能力的黨的實際工作干部及軍隊政治工作干部的高級與中級學校”，“中央黨校直屬中央黨校管理委員會”。鄧發接任中央黨校校長，同時成立由鄧發、彭真、陸定一、王鶴壽、胡耀邦五人組成的黨校管理委員會。

1942年，整風運動開始后，2月28日，中央政治局發出《關於黨校組織及教育方針的新決定》，決定中央黨校直屬中央書記處，政治指導由毛澤東負責，組織指導由任弼時負責，日常工作由鄧發、彭真、林彪組織管理委員會管理（原管理委員會取消）。鄧發任校長並主持校務工作，彭真任教育長並主持政治教育工作，林彪主持軍事教育工作。學校內設機構及負責人也相應作出調整，秘書長黃火青，教育主任張秀山，校務部長胡鬆，總務處長武能光。

1943年，全黨普遍整風結束后，3月20日，為了讓高級干部總結歷史經驗，中央政治局決定在中央政治局及書記處之下，設立中央宣傳委員會與組織委員會，中央黨校歸中央宣傳委員會管理。鄧發調任職工運動委員會書記，毛澤東兼任中央黨校校長，彭真任副校長。之后，為了提高全黨的理論水平，中央黨校組織發生了重大變化，先后將中央研究院、西北局黨校以及軍事學院高級班等相關的干部教育資源整合，設立為六個部：一部以原中央黨校為基礎，學員為地委、旅以上領導干部（多為高級干部和七大代表）﹔二部以原中國女子大學為基礎，學員為地方中級干部和軍隊團級干部﹔三部以中央研究院為基礎，學員以知識分子和文化人為主﹔四部以軍事學院為基礎，學員多為工農老干部﹔五、六部以西北局黨校為主，五部以陝甘寧邊區縣級干部為主，六部是敵后和國統區來的縣、區干部和知識分子。

毛澤東非常重視黨校工作並充分利用這一陣地。1942年2月1日，中央黨校舉行開學典禮，毛澤東作了《整頓黨的作風》的講話，揭開了全黨整風的序幕。中央黨校禮堂落成時，毛澤東欣然命筆題寫了體現黨校精神的校訓——實事求是，不尚空談。1943年至1946年，毛澤東先后在中央黨校作了《學習和時局》《抗日戰爭勝利后的時局和我們的方針》《關於重慶談判》《時局問題及其他》等報告。劉少奇、周恩來、朱德等中央領導都曾到中央黨校參加有關活動或給學員作報告。

抗戰勝利后，1945年9月，中央黨校大部分學員陸續奔赴各個解放區，遂將一、二、三、四、六部合並為一個部，五部則從中央黨校分出恢復為中共中央西北局黨校。1946年底，主持中央黨校日常工作的彭真調任東北局書記，中央黨校機關由兼任教育長的安子文帶領赴華北解放區。1947年3月，胡宗南部隊進攻延安，中央黨校停止辦學，隨黨中央轉移撤離延安。

中央黨校作為培養黨的高級領導干部和對廣大黨員進行馬列主義教育的學校，堅持以馬列主義基本原理同中國革命實際相結合的教育方針為指導，堅持學習理論與改造思想相結合，堅持教學與生產勞動相結合，堅持學習理論和做群眾工作相結合，培養了大批黨政軍領導骨干和理論工作者，為黨領導新民主主義革命和社會主義革命的勝利提供了有力的保証，在黨的歷史上創造了不可磨滅的偉大功績。