在综合协调方面，“条块分割”的管理体制在全局性危机事件的应对中顾此失彼。“非典”危机由单纯的公共卫生事件逐步演变为影响到经济外贸、社会秩序、政治稳定以及国际形象等各个方面的复合型危机，需要总揽全局的应对措施。但在当时的行政体制下，危机应对所需要的权力和资源分散在各个部门中，利益分割，信息阻滞，多龙治水，上下不畅，职能出现错位和重叠，缺乏具有会商决策功能的综合体系和综合协调部门，没有建立起处理不同性质危机事件的协调机制。一旦需要动用各方资源的重大危机爆发，或是多种危机事件并发，可能会使政府在处理危机事件中的政策不能很好地协调。
　　在国际合作方面，“非典”危机还揭示出我国对全球治理的距离与陌生。“非典”爆发的 2003年是我国加入世贸组织的第三年，我国对各类国际组织的战略目标、运行模式和国际合作机制的认识尚处于起步阶段。在经济开放的同时，我国对公共事务的国际合作保持谨慎态度，不仅失去了借助于世卫组织的“全球爆发预警与回应网络”（GOARN）、“健康城市”网络等全球网络和政策工具以阻断疫情的良机，而且严重影响了我国政府的国际声誉和大国形象。事实上，全球化时代中，公共事务的治理至少发生了两个重要的转变：一是本地危机极易通过人员流动、空间关联、经济和技术联系等演变为全球危机，打破了传统国家的地理边界和制度架构；二是一部分国际组织已成为特定事务中资源和权力的汇聚点，形成了基于专业知识和能力的治理权威。参与全球治理是全球化时代的必然选择，“非典”加速了我国公共事务治理国际化的进程。